El HNP fue creado por decreto el 29 de Julio de 1999 con el objetivo institucional de: "Atender en el estado, fundamentalmente de zonas marginadas, a la población infantil que requiere atención médica de 3er. Nivel y que carece de servicios médicos de seguridad social, a fin de fortalecer las acciones Estatales en materia de salud con acciones de alto impacto social en aspectos curativos, preventivos y de rehabilitación. Garantizar la excelencia médica mediante la formación de recursos humanos altamente capacitados con programas de enseñanza intra y extramuros en colaboración con el sector salud y otras instituciones de educación superior para que posteriormente ejerzan la medicina pediátrica en el interior del estado y elevar el desarrollo organizacional de la institución. Coadyuvar al fortalecimiento del Sistema Estatal de Salud mediante el cumplimiento de sus programas preventivos y ampliar el alcance de los programas de investigación a fin de abatir los niveles de morbimortalidad entre la población pediátrica del Estado.