La historia universitaria en Puebla se remonta a más de cuatro siglos que han sido ricos en experiencias y acontecimientos. El 14 de abril de 1578, el Cabildo de la ciudad de Puebla solicitó al provincial de los jesuitas en la Nueva España la fundación de una institución educativa. El 15 de abril de 1587 nació el Colegio del Espíritu Santo. En 1790 nace el Real Colegio Carolino, en honor a Carlos III. El 2 de octubre de 1820 se inician los cursos, ahora se llama Real Colegio del Espíritu Santo, de San Gerónimo y San Ignacio de La Compañía de Jesús. Consumada la independencia, la regencia del primer imperio autoriza el restablecimiento del colegio bajo el nombre de Imperial Colegio de San Ignacio, San Gerónimo y Espíritu Santo.

A la caída del imperio de Maximiliano de Habsburgo, el colegio se transforma totalmente. Numerosos hombres del liberalismo se trasladan a organizar la educación en Puebla. Entre ellos Ignacio Ramírez «El Nigromante» y Guillermo Prieto, pero el más destacado es Ignacio Manuel Altamirano, quien tomó posesión como Presidente (Rector) a principios de 1881 y realizó importantísimas modificaciones que perduraron hasta la transformación del colegio en Universidad. Los finales del siglo XIX y comienzos del XX constituyen el apogeo del Colegio del Estado. El 4 de abril de 1937, quedó legalmente instituida la Universidad de Puebla, a iniciativa del General Maximino Ávila Camacho. El 23 de noviembre de 1956 se publica en el Periódico Oficial la Ley Orgánica de la Universidad Autónoma de Puebla. El 2 de abril de 1987, los Diputados de la 50 Legislatura del Congreso del Estado aprueban la Iniciativa de declarar Benemérita a la Universidad Autónoma de Puebla. En 1991, la 51 Legislatura Local aprobó la Ley de la Benemérita Universidad Autónoma de Puebla, misma que fue actualizada el 10 de diciembre de 1998.